北醫大醫學院與世界著名的日本東京大醫學院，一直保持良好關係。
新任清水孝雄教授上任，２００８年九月一日趁北醫大杏聲合唱團赴東京演唱之際，
專程拜會新任院長。
清水孝雄院長為分子細胞生物學專家，二十年前曾來台灣訪問。向他說明北醫這幾年的進展，
乍見北醫宏偉新貌，他非常驚訝。
東京大學醫學院自從與北醫大醫學院簽訂為姐妹校之後，曾派遣二名醫學生來北醫大學習，
北醫大亦有四名學生到東大見習，雙方皆有豐碩之收穫。
拜訪結束前雙方互換禮物。
每回國際交流必帶的禮物包括杏聲合唱團的ＣＤ。
陪同接待的二位先生是東大國際交流中心及教學部的教授。
期待這樣的交流互惠能持續下去。
目前與北醫大醫學院簽訂姐妹校的醫學院還包括：
夏綠帝—柏林醫學大學（Charit’e —Universitatsmedizin Berlin）、韓國首爾國立大學、加州大學爾灣分校、韓國建國大學、香港中文大學... 等。
這幾年並參訪美國哈佛大學醫學院、東京大學醫學院、香港大學醫學院、香港中文大學醫學院、北京大學醫學部與中國協和醫科大學醫學院、馬來亞大學醫學院、新加坡國立大學醫學院、漢城國立大學醫學院等，並皆同意先藉由交換醫學生至醫院見實習為國際校院際合作友好之開始。
香港中文大學醫學院去年選出110多名醫學生到全世界各醫學院或醫院做Clinical Rotation，北醫醫學院的計畫是預計三年內達成與八至十所國際一流醫學院完成交換最後一年醫學生之學習計畫，每年對每所交換之醫學院，選派五名醫學生，進入北醫大就讀之醫學生，有機會建立專業領域的國際經驗與視野。
